KKマウスは、通常の近交系マウスと同様の方法で維持・生産されています。KK-Ayマウスのメスは繁殖不能ですから、KKマウスのメスとKK-Ayマウスのオスとの交配により繁殖されます。Ay遺伝子を導入する時に、C57BL/6-Ayが用いられていますので、上記の交配によってアルビノ・黒色・黄色の個体が生れます。この中から黄色の体毛を持つ個体がKK-Ayとして選抜されます。